Въз основа на тяхното развитие и структура на изображения, те могат да бъдат разделени в три категории: ендоскопи с твърда тръба, фиброоптични (гъвкави) ендоскопи и електронни ендоскопи.
1. Ендоскопи за храносмилателния тракт: езофагоскопи с твърда тръба; фиброоптични езофагоскопи; Електронни езофагоскопи; ултразвукови електронни езофагоскопи, фиброоптични гастроскопи, електронни гастроскопи, ултразвукови електронни гастроскопи, фиброоптични дуоденоскопи, електронни дуоденоскопи, фиброоптични ентероскопи, електронни ентероскопи, фиброоптични колоноскопи, електронни колоноскопи, фиброоптични сигмоидоскопи и ректоскопи.
2. Ендоскопи за дихателна система: ларингоскопи с твърда тръба, фиброоптични ларингоскопи, електронни ларингоскопи, фибробронхоскопи, електронни бронхоскопи, торакоскопи и медиастиноскопи.
3. Ендоскопи за перитонеална кухина: твърди тръбни, фиброоптични и електронни хирургични лапароскопи.
4. Ендоскопи за жлъчните пътища: холедохоскопи с твърда тръба, фиброоптични холедохоскопи, електронни холедохоскопи и холедохоскопи за майка-и-дете.
5. Ендоскопи за пикочната система: (1) Цистоскопи: Те могат да бъдат разделени на цистоскопи за инспекция, цистоскопи за катетеризация на уретера, хирургични цистоскопи, учебни цистоскопи, фотографски цистоскопи, педиатрични цистоскопи и женски цистоскопи. (2) Уретероскопи. (3) Нефроскопи.
6. Ендоскопи за гинекология: колпоскопи и хистероскопи.
7. Ендоскопи за кръвоносни съдове: съдови ендоскопи.
8. Ендоскопи за стави: артроскопи. Оптична ендоскопия
Системата за ендоскопия с оптични влакна се състои от две части: тялото на ендоскопа и източник на студена светлина. В тялото на ендоскопа има два снопа от оптични влакна: единият, наречен лъч, който предава светлината, генерирана от източника на студена светлина, към повърхността на наблюдавания обект, осветявайки го; другият, наречен сноп изображения, който е сноп от десетки хиляди оптични влакна с диаметър по-малък от 1 микрометър, подредени в редове. Единият край е насочен към окуляра, а другият край минава през лещата на обектива и е насочен към повърхността на наблюдавания обект. Лекарите могат директно да визуализират повърхността на органите през окуляра, което улеснява навременната и точна диагноза. Например, с помощта на ендоскоп лекарите могат да наблюдават язви или тумори в стомаха и да формулират най-добрия план за лечение в съответствие с това.
Сноповете от оптични влакна, които предават изображението, съставляват ядрото на оптичния ендоскоп. Състои се от десетки хиляди изключително фини стъклени влакна. Съгласно принципа на пълното вътрешно отражение в оптиката, всички стъклени влакна трябва да бъдат покрити с филм с нисък -индекс на пречупване-, за да се гарантира, че цялата светлина, предавана от влакната на сърцевината, претърпява пълно вътрешно отражение. Едно влакно предава само една точка светлина. За да се визуализира изображение, голям брой влакна трябва да бъдат свързани заедно. За да се предаде същото изображение към другия край, всяко влакно трябва да бъде позиционирано идентично в двата края; това се нарича пакет ръководство за изображения. Фиброоптичните ендоскопи обикновено имат две тръби от стъклени влакна. Светлината влиза в тялото през едната тръба, докато лекарят наблюдава през другата тръба или чрез камера. През 1981 е успешно разработена ендоскопска ултразвукова технология. Тази нова разработка, съчетаваща усъвършенствана ултразвукова технология с ендоскопия, увеличи значително точността на диагностиката на лезиите. Някои операции могат да се извършват с помощта на ендоскопи и лазери. Оптичните влакна на ендоскопа могат да доставят лазерен лъч за изгаряне на израстъци или тумори и запечатване на кървящи кръвоносни съдове.
Електронните ендоскопи се появяват през 80-те години на миналия век с развитието на електрониката и цифровите видео технологии. Това замени предаването на изображения чрез оптични влакна с фоточувствителни интегрални системи за изображения, което води до превъзходно качество на изображението, по-висока яркост и по-големи изображения, което позволява откриването на дори по-фини лезии. Освен това електронните ендоскопи имат по-малък външен диаметър, осигурявайки по-ясни и по-интуитивни изображения и с тях се работи по-лесно. Някои ендоскопи дори включват сензори с микро-интегрална схема, за да подават наблюдаваната информация обратно към компютър. Те могат да получат диагностична информация за морфологията на тъканите и органите, както и да измерват различни физиологични функции. Структурата на електронните ендоскопи е основно същата като тази на ендоскопите с оптични влакна; просто казано, CCD заменя пакета за насочване на изображението, предлагайки много функции, които ендоскопите с оптични влакна не могат да постигнат. Най-голямата разлика между електронните и ендоскопите с оптични влакна е използването на CCD устройство, известно като миниатюрен сензор за изображения, вместо пакета за насочване на изображения с оптични влакна.